Maulana sering memakai jam tangan dan melantik seseorang secara tetap untuk memastikan ia selari dengan jam pejabat pos dan perkhidmatan telefon (pada zaman tersebut jam pejabat-pejabat kerajaan adalah yang paling tepat) terutamanya ketika Bulan Ramadan.
Beliau, akan berbuka puasa 2-3 minit selepas masa mengikut jadual waktu berbuka. Ini juga merupakan amalan Maulana Raipuri namun beliau menyelarikan jam tangan beliau mengikut waktu terbit dan terbenam matahari secara mata kasar kerana ia jelas dapat dilihat di Raipur. Maulana Yahya dan Maulana Ilyas tidak mengikut jadual waktu berbuka dan jam tangan kerana mereka beramal dengan hadis “Apabila malam menjelma dan siang pergi,” justeru mereka sentiasa memerhatikan langit.
Buah Kurma dan Air Zamzam adalah sangat penting ketika berbuka puasa. Mereka yang baru pulang dari Haji membawa hadiah buah kurma dan air Zamzam untuk maulana kedua-duanya disimpan khusus untuk Ramadan namun buah kurma dimakan segera sekiranya akan rosak. Ketika waktu berbuka beliau akan minum separuh hingga dua pertiga cawan chai dan bakinya akan diberi kepada Maulana Zakaria.
Tempoh masa antara waktu berbuka dan iqamah adalah 10 minit agar orang ramai dapat berbuka dirumah dan sempat tunaikan solat di Masjid.
Amalan maulana adalah berbuka puasa di madrasah, ketika di Madinah beliau berbuka puasa di Madrasah Ulum Syariyyah.
Lebih kurang 15-20 orang pembantu akan bersama maulana ketika berbuka puasa.
Buah kurma dan air Zamzam adalah sangat PENTING ketika berbuka puasa.
Tiada perbezaan rakaat solat sunat yang ditunaikan maulana selepas solat Maghrib ketika Ramadan dan di luar Ramadan, namun beliau mengambil masa yang lebih lama berbanding amalan biasa.
Kebiasaannya maulana akan membaca satu suku juzuk dalam solat sunat magrib dan bacaan yang sama akan beliau baca ketika solat sunat tarawih.
Maulana akan makan malam di rumah selepas selesai solat sunat Maghrib yang hanya memakan masa 20-25 minit. Beliau mengurangkan makan ketika bulan Ramadan.
Selain daripada 2 tahun terakhir sebelum maulana meninggal dunia (tempoh maulana jatuh sakit dan tidak terdaya) beliau sendiri akan menjadi imam solat terawih. Apabila Dar al-Talaba (satu bahagian di Mazahirul Ulum) sudah siap dibina, Maulana Khalil memerintahkan Maulana Yahya untuk menjadi Imam di situ untuk tahun pertama, selepas tahun tersebut beliau sendiri akan menjadi imam.
Amalan beliau adalah mengkhatamkan Al-Quran dalam Solat Terawih pada malam ke-29. Beliau akan membaca satu suku juzuk pada beberapa malam di awal Ramadan kemudian satu juzuk sehingga khatam.
Selepas menunaikan solat terawih maulana akan berehat selama15-20 minit di madrasah. Dalam tempoh ini pembantu-pembantu beliau akan mengurut kaki beliau sambil berbincang mengenai solat terawih yang telah ditunaikan, perkara seperti jika ada sesiapa yang tersilap dalam membetulkan bacaan beliau. Ramai Hafiz Al-Quran yang datang dari jauh untuk mendengar bacaan beliau.
Selepas aku(Maulana Zakaria) menunaikan solat terawih kadang kala di Masjid Hakim Ishaq atau rumah maulana (apabila orang rumah maulana meminta aku solat disana) maka aku akan bergegas untuk menyertai solat terawih maulana. Kebiasaannya maulana sudah selesai menyempurnakan 4-6 rakaat beliau memulakan terawih agak lewat dan aku juga membaca sangat laju dalam solat terawih. Pernah satu ketika, maulana membaca Surah Talaq, pada ayat pertama beliau menyebut يا ايها النبي إذا طلقتم النساء maka aku segera membetulkan beliau dengan menyebut يا أيها الذين امنوا إذا طلقتم النساء Hafiz Muhammad Hussain yang merupakan pemeriksa bacaan maulana yang utama, datang setiap tahun dari Ajrara untuk meluangkan Ramadan bersama maulana, pakcikku(Maulana Ilyas) dan Maulana Abdul Latif secara serentak menyebut يا أيها النبي Selepas solat, maulana duduk rehat seketika lalu bertanya “Maulana Zakaria, engkau tidur ke tadi?” aku menjawab “Tidak sama sekali maulana, aku menyangka kalaulah semua fi’il dalam ayat tersebut adalah dalam bentuk jama’ maka ia pasti Ya Ayyuha Allazina Amanu bukan Ya Ayyuhan al-Nabiyy. Maulana membalas “Engkau menggunakan qias untuk bacaan Quran?” Aku jawab “Maulana, ini adalah kaedah Nahu bukan qias.
Satu ketika Hafiz Hussain melakukan kesilapan dalam membetulkan bacaan maulana. Aku segera membacakan ayat yang sepatutnya, Hafiz Hussain menyedari kesilapannya lalu menyebut ‘Ya’ (dalam Bahasa Urdu) dan mengulangi ayat yang aku baca. Selepas terawih aku bertanya kepada maulana “Adakah engkau mengambil pembetulanku atau Hafiz Hussain?” Maksudku, solat Hafiz Hussain terbatal kerana menyebut lafaz ‘Ya’ tersebut, sekiranya maulana menerima pembetulan beliau maka aku perlu umumkan bahawa semua perlu mengulangi solat kerana tidak sah. Maulana faham apa yang aku maksudkan lalu membalas dengan selamba “Engkau ingat aku orang gila untuk terima pembetulannya?” Kadangkala selepas solat terawih maulana akan membincangkan tafsir ayat yang dibaca.
Selepas berehat maulana akan pulang ke rumah dan meluangkan masa selama 15-20 minit bersama ahli keluarga beliau, ketika ini beliau akan memberi sedikit tazkirah kepada wanita-wanita yang ada disitu, lau beliau akan tidur selama 2 jam setengah hingga 3 jam.
Amalan maulana ketika solat tahajjud adalah membaca 2 juzuk. Kadangkala lebih atau kurang bergantung kepada masa yang beliau ada. Ketika tiba pada Hadis Nazair (Sayyiduna Rasulullah membaca surah-surah secara pasangan dalam satu rakaat) Beliau menyuruhku “Catit hadis ini, kita akan baca dalam tahajjud malam nanti seperti yang disebut.” Ini merupakan satu contoh betapa cintanya beliau pada beramal dengan sunnah Sayyiduna Rasulullah.
Aku(Maulana Zakaria) pernah dengar bahawa amalan Shaikhul Hind(Maulana Mahmud Hassan Deobandi) adalah menunaikan 2 rakaat solat sunat selepas solat sunat witir dalam keadaan duduk. Seseorang berkata kepada beliau “Maulana hanya akan mendapat separuh pahala kalau duduk.” Beliau jawab “Bahkan benar, tetapi hatiku lebih suka untuk mencontohi sunnah Sayyiduna Rasulullah disebalik aku mungkin tidak akan mendapat pahala penuh.” Benar dari sudut syariah beliau akan mendapat separuh pahala namun mengambil kira cinta beliau yang mendalam terhadap sunnah baginda, aku secara peribadi berpendapat beliau akan mendapat pahala yang lebih daripada pahala menunaikan solat sunat berdiri. Dikatakan Majnun menunjukkan kecintaan beliau sehingga kepada anjing-anjing yang ada di kota kekasihnya Laila.
Bergantung kepada musim, maulana akan bangun 2-3 jam sebelum Subuh, dan bersahur dalam tempoh setengah jam sebelum Subuh (beliau hanya akan ambil masa 15-20 minit tidak lebih daripada itu).
Tiada apa-apa yang istimewa dalam sahur maulana, cuma kadangkala beliau diberi ‘vermicelli’ yang akan direndam dalam air dan dijamu sekeluarga. Kadangkala juga ‘pilaf’ akan dimasak untuk sahur tetapi tidak pernah untuk berbuka puasa (orang Kandhla dan Gangoh menganggap berdosa makan ‘pilaf’ kerana akan menyebabkan seseorang itu menderita kehausan ketika berpuasa) namun aku dan maulana tetap memakannya ketika sahur. Sejak 10/12 tahun kebelakangan, jumlah tetamu yang hadir semakin meningkat oleh itu aku akan makan ‘pilaf’, daging, dan capati ketika berbuka puasa dan juga ‘sweet rice’ ketika sahur. Capati panas akan dihidangkan ketika sahur, dan kebiasaannya maulana akan minum chai pada waktu tersebut. Aku sendiri lansung tidak pernah minum chai ketika sahur kerana berjaga sepanjang malam dalam Ramadan, namun aku tidak mampu untuk meneruskannya semenjak 7-8 tahun kebelakangan kerana faktor kesihatan yang memaksa aku meninggalkan kebiasaanku.
Maulana menunaikan solat Subuh dalam jangka masa sebelum matahari terbit dan 10-12 minit lebih awal daripada masa tersebut diluar Ramadan.
Adat maulana sepanjang tahun untuk menyempurnakan zikir dan wirid beliau dalam tempoh selepas terbit fajar hingga matahari terbit didalam bilik beliau melainkan jika panas maka beliau akan duduk dan sempurnakannya di laman madrasah. Beliau akan menutup pintu sebelum memulakan zikir dan wiridnya dan ketika ini juga beliau akan melakukan muraqabah. Adat beliau sebelum 1335 Hijriah (1916) adalah mengajar Bukhari dan Termizi daripada terbit matahari hinggalah tengah hari. Selepas 1335 Hijriah, beliau akan menulis Bazlul Majhud dari jam 11 pagi hingga 12 tengah hari sepanjang tahun kecuali pada Ramadan dimana beliau akan berehat selama 1 jam selepas matahari terbit. Pada musim panas, beliau akan berehat dahulu kemudian baru memulakan penulisan Bazlul Majhud dari jam 11 hingga 12 tengah hari kemudian akan berehat hingga azan Zuhur.
Maulana sering mengimamkan solat terawih kecuali pada 2 tahun terakhir sebelum beliau meninggal dunia. Selepas Zuhur, beliau akan membaca juzuk yang akan dibaca dalam terawih kepada Hafiz Hussain Ahmad. Kadangkala aku(Maulana Zakaria) menggantikan Hafiz Hussain, ketika di Madinah memang aku yang bertanggungjawab mendengar bacaan beliau selepas Zuhur. Ketika aku pulang daripada Hijaz dan penulisan Bazlul Majhud sudah sempurna, maulana akan membaca juzuk tersebut kepada isteri beliau. Juzuk yang sama juga akan dibaca dalam solat-solat sunat dan seterusnya terawih.
Sebelum menunaikan haji pada 1333 Hijriah (1914), beliau dan bapaku (Maulana Yahya) akan membaca juzuk yang sama kepada satu sama lain. Maulana tidak akan membaca kepada orang lain melainkan bapaku.
Aku memerhatikan maulana hanya kadangkala akan mebaca sambil melihat mushaf.
Setahu aku, maulana tidak pernah meninggalkan ittikaf 10 hari terakhir Ramadan dalam hidup beliau, kecuali pada 2 tahun terakhir sebelum beliau meninggal. Beliau akan menunaikannya di Masjid Qadim sehinggalah asrama pelajar siap dibina pada 1335 Hijriah (1916). Beliau tidak menangguhkan penulisan Bazlul Majhud pada 10 hari terakhir ini, sebaliknya kitab-kitab yang beliau perlukan akan dibawa ke biliknya berhampiran dengan Masjid Kulthumiyya. Aku akan membawa kitab-kitab ini kedalam masjid selepas subuh dan memulangkannya selepas beliau selesai mutolaah. Aku tidak pernah lihat beliau ittikaf melainkan pada 10 hari terakhir.
Aku tidak nampak perbezaan pada tertib maulana pada 20 hari yang pertama dengan 10 hari yang terakhir Ramadan melainkan beliau akan bangun lebih awal pada 10 hari terakhir.
Antara perbezaan yang jelas dilihat ialah beliau sama sekali tidak akan membaca surat khabar ketika Ramadan (di luar Ramadan hanya kadang-kadang). Malah dalam tempoh dua tahun beliau membaca Quran kepada bapaku, beliau sentiasa memegang tasbih dan secara senyap menyempurnakan wirid. Beliau hanya akan bercakap apabila pembantunya mempunyai soalan.
Segelintir orang seperti Mutawwali Jalil dan Mutawwali Riyad al-Islam, mereka datang ke Kandhla dan Mirat untuk meluangkan Ramadan bersama maulana, namun tidak menunaikan ittikaf bersama beliau kerana ingin berada di rumah bersama keluarga pada Hari Raya Aidilfitri. Disebutkan dalam Tazkiratul Khalil:
Apabila anak bulan dilihat, maulana meningkatkan lagi amalan ibadah beliau. Maulana akan baca 1 suku juzuk dalam terawih. Beliau akan menyempurnakan rakaat selepas selesai membaca satu ruku dan melakukan khatam pada malam ke-27. Selepas mengajar di Mazahirul Ulum beliau akan menjadi imam terawih di masjid bahagian lama madrasah sehinggalah selesai pembinaan asrama pelajar, dimana beliau menunaikan terawih di masjid asrama baru pelajar.
Ramai orang datang untuk mendengar bacaan maulana dan ramai yang datang untuk meluangkan Ramadan bersama beliau. Maulana membaca dengan nada sederhana dan akan berhenti seketika pada setiap ayat agar pendengar dapat memahami setiap lafaz.
Oleh kerana maulana menjadi hafiz al-Quran pada usia yang dewasa dan tenggelam dalam bacaan beliau, kadangkala beliau akan terberhenti, tetapi beliau jarang baca ayat yang salah. Sekiranya beliau berhenti secara mengejut seperti dalam solat terawih atau beliau keliru antara dua ayat mutashabih, maka salah seorang hafiz akan segera membetulkan bacaan beliau. Sekiranya pembetulan yang salah diberikan maka beliau tidak akan mengendahkannya sebaliknya membetulkan kesalahan itu sendiri atau hafiz yang lain akan membetulkan. Apa jua keadaan pun, beliau tidak pernah berasa geram dengan mana-mana hafiz yang silap memberi pembetulan malah beliau akan memberinya semangat dengan berkata “Sekiranya si pembaca boleh melakukan kesilapan mengapa si pendengar tidak?”
Maulana menjadi imam terawih dalam sebahagian besar hidupnya sehinggalah beliau berumur 70 tahun, selepas itu beliau sudah tidak terdaya. Beliau meluahkan “Apabila aku sujud aku berasa seakan-akan lansung tidak dapat berdiri untuk rakaat yang seterusnya, namun aku tetap memaksa diriku untuk berdiri. Dalam setiap rakaat (solat terawih) pula, aku rasa solah-olah akan terjatuh dan untuk berdiri dari sujud adalah lebih susah daripada mendaki gunung.” Walaupun begitu, beliau tetap mengimamkan terawih selama 2 tahun dalam keadaan sebegini dan beliau akan cuba menjadi imam selagi mana mampu. Akhirnya, apabila beliau menjadi begitu lemah, beliau berhenti. Menggantikan amalan ini, beliau akan mendengar bacaan oran lain dan memenuhi masanya dengan membaca Quran. Pada bulan Ramadan beliau akan terus memulakan tilawah selepas terbit matahari hingga jam 11 pagi.
Keseluruhan tertib maulana yang telah disusun oleh Sheikh Mirati ini, adalah sebelum beliau memulakan penulisan Bazlul Majhud. Selepas Asar hingga iftar, beliau akan duduk di bahagian madrasah yang lama, dan pembantu-pembantu beliau akan duduk disekelilingnya. Aku sendiri melihat maulana hanya membaca Quran dengan ayahku selama 2 tahun dalam majlis selepas Asar tersebut tidak dengan oran lain. Pada 10 pertengahan dan 10 akhir Ramadan, aku lihat ayahku membaca 3 juzuk dalam solat tahajjud, satu amalan yang aku tidak pernah nampak orang lain lakukan.
Maulana akan baca satu suku juzuk dalam solat sunat selepas Maghrib. Pada Ramadan 1345H/March, 1927, aku mendengar satu juzuk dalam solat sunat selepas Maghrib. Maulana Abdul Qadir Raipuri dan Maulana Syed Ahmad (abang kepada Maulana Hussain Madani) turut serta dalam jemaah ini, cuma Maulana Abdul Qadir duduk menunaikan solat kerana sakit beliau namun Maulana Khalil disebalik umurnya yang tua dan lemah tetap berdiri.
Maulana sering menghadiri majlis khatam Quran anak-anak keluarga Mirat kerana hubungan mereka yang akrab. Mereka akan pastikan anak-anak mereka akan khatam pada malam ke-20 supaya maulana dapat pulang dari Mirat untuk berittikaf. Justeru maulana akan tiba pada hari ke-19 dan pulang pada hari ke-20. Kebiasaannya beliau akan menunaikan solat fardu Isyak di masjid dahulu kemudian pulang ke rumah untuk solat terawih dan witir. Kemudian datang balik ke masjid untuk majlis khatam. Apa yang Sheikh Mirati tulis adalah benar bahawa selepas tamat penulisan Bazlul Majhud pada Ramadan 1345H/March 1927, masa yang digunakan untuk penulisan akan digunakan untuk tilawah al-Quran atau bacaan Wafa al-Wafa(kitab mengenai sejarah kota Madinah). Selepas Zuhur maulana akan baca satu juzuk kepada orang rumah beliau. Pada waktu ini aku tidak dapat bersama maulana kerana hijab antara aku dan orang rumah maulana. Cuaca ketika itu sangat panas dan bilik wanita berada di tingkat atas, manakala pembantu maulana di tingkat bawah, kawasan dimana makanan dimasak. Sheikh Mirati menulis: Maulana telah terlebih memaksa dirinya dan tidak henti-henti membaca Quran dari ingatan sehingga memenatkan mindanya, oleh itu Maulana Syed Ahmad dan Maulana Zakaria terpaksa merayu “Tuan perlu berehat seketika.” Maulana balas “Apa guna lagi minda aku sehingga aku perlu merehatkannya.” Pernah beliau berkata “Kelemahan usia tua ini telah memberi kesan kepada ingatanku, aku takut jika aku lupa hafalan Quranku, sebab itu aku tidak henti-henti membacanya.” Pernah juga beliau berkata “Tidak menjadi masalah sekiranya mindaku ada atau tiada, tetapi sama sekali tidak boleh ayat-ayat Quran meniggalkannya.”
Ramadan terakhir maulana akan sentiasa diingati, pemakanan beliau hanya satu cawan chai dan kurang separuh capati, demikian beliau menambah lagi masa untuk membaca atau mendengar Quran. Pada pagi hari, beliau membaca satu setengah juzuk, kemudian berterusan baca daripada selepas Zuhur hingga Asar, samaada dari ingatan atau lihat mushaf. Selepas Maghrib, beliau akan baca satu setengah juzuk kepada Maulana Zakaria dalam solat sunat, selepas solat Isyak beliau akan ke madrasah Syed Ahmad dan solat terawih dibelakang Qari Muhammad Taufeeq (Ustaz Tajwid), Qari sahb akan membaca dua juzuk secara tartil dan selesai pada jam 11 malam. Kemudian beliau akan tidur dan menyuruh aku untuk mengejutkan beliau pada jam 2 pagi, hanya dua kali aku mendapati beliau masih tidur ketika ingin mengejutkan beliau, selain itu beliau sudah bangun sedang berwuduk atau didalam tandas.
Pada waktu ini Maulana akan mendengar dua juzuk, beliau sangat gemar pada Qiraat Imam Nafi’ maka dua orang pelajar akan datang membaca dalam qiraat tersebut. Dalam Ramadan yang terakhir ini beliau kena demam panas pada malam ke-27 yang berlarutan hinggalah maut menjemput maulana.
Pada Ramadan 1338H/ Mei 1920, anak bulan kelihatan ketika maulana berada diatas kapal dalam perjalanan ke Tanah Hijaz. Walaupun beliau pening kepala dan lemah badan, beliau tetap berdiri menunaikan solat terawih. Maulana Zakaria turut bersama beliau dalam safar ini, Maulana akan baca setengah juzuk dalam 8 rakaat yang pertama kemudian Maulana Zakaria akan membaca ¾ juzuk , dalam 12 rakaat akhir. Apabila mereka tiba di Makkah pada 10 Ramadan, maulana menunaikan solat terawih dibelakang seorang qari kemudian akan menyempurnakan baki bacaan quran dalam solat sunat. Dalam safar ini, jemaah maulana tiba di Jeddah pada waktu Maghrib, semua ahli jemaah letih kelesuan, jangankan solat terawih, solat fardu pun ditunaikan dengan penuh kesusahan. Dalam keadaan demikian maulana tetap menunaikan solat terawih dalam keadaan berdiri dan duduk. Inilah kekuatan maulana, mudah untuk dikhabarkan dengan kata-kata apa yang zahir kelihatan, tetapi demi Allah mustahil untuk aku menjelaskan kekuatan rohani maulana, memang tidak terkata.
Pening kepala maulana begitu kuat sehingga tidak dapat mengangkat kepala beliau daripada bantal. Aku (Maulana Zakaria) turut pernah mengalaminya ketika aku kecil, berserta loya dan muntah. Bau busuk kapal terutamanya ketika minyak sedang diisi akan merebak ke seluruh kapal menyebabkan aku pening kepala dan rasa ingin muntah. Pada 29 Sya’ban/ May 1920 maulana bertanya kepadaku “Macam mana dengan solat terawih kita?” Aku jawab “Aku boleh tahan pening kepala ini tetapi bagaimana kalau aku termuntah ketika solat?” Maulana jawab “Usah risau, kalau berlaku pergilah ambil wuduk sekali lagi.”
Dalam usia yang begitu tua, badan yang lemah ditambah lagi dengan keadaan kapal yang terumbang-ambing dipukul ombak, beliau tetap berdiri menunaikan solat terawih.