Orang ramai sangat terkesan apabila melihat Maulana beribadah, pada usia 70 tahun lebih beliau beribadah hampir sepanjang masa, berpuasa sepanjang hari, dan solat sunat 20 rakaat selepas solat Maghrib. Ketika ini paling kurang beliau akan baca 2 juzuk. Tambah lagi, ruku dan sujud maulana sangat panjang sehingga orang menyangka beliau telah lupa diri. Selepas solat sunat, dalam perjalanan pulang ke rumah untuk makan beliau akan turut membaca beberapa juzuk. Kebiasaannya maulana akan mengambil 1 jam hingga 1 ¼ jam untuk mengerjakan solat isyak dan solat terawih. Selesai solat terawih beliau akan berehat sekitar jam 10 ke 11 malam, dan istiqamah bangun tidur pada jam 2.30 pagi. Bahkan ada dalam kalangan pembantu beliau pernah melihat maulana sedang berwuduk pada jam 1 pagi. Pada waktu ini, beliau akan menunaikan tahajjud selama 2 ½ jam ke 3 jam. Pembantu-pembantu yang datang untuk sahur pada jam 5.30 pagi melihat maulana masih sedang solat. Selepas solat subuh maulana akan menyempurnakan zikir beliau dan bermuraqabah sehingga terbit matahari. Kemudian beliau akan menunaikan solat ishrak lalu berehat selama beberapa jam. Apabila surat-surat tiba, beliau akan mula menyibukkan diri menulis fatwa-fatwa dan membalas surat, beliau akan tidur qailulah selepas solat sunat Dhuha. Selepas Solat Zohor, pintu bilik beliau akan tertutup dan beliau akan membaca Quran sehingga Asar.
Disebalik usia maulana yang tua, lemah tubuh badan, dan mengalami sakit-sakit tua sehinggakan perlu berhenti berehat ketika berjalan ke tandas (jarak 15-16 langkah) ini tidak menghalang beliau untuk berdiri lama menunaikan kesemua solat fardu serta solat-solat sunat. Kadang-kala berkali-kali pembantu beliau merayu agar beliau duduk menunaikan solat terawih, namun jawapan beliau “Tidak, itu adalah alamat jiwa seseorang lemah.”
Setiap bentuk ibadah maulana akan ditingkatkan lagi pada Bulan Ramadan, namun kesungguhan beliau meluangkan masa untuk Quran memang tidak boleh dibayangkan; Beliau tidak akan berbual ketika berjalan pergi balik masjid. Sehari, dalam dan luar solat maulana sekurang-kurangnya akan baca separuh Al-Quran. Malam sebelum Ramadan, beliau akan mengumumkan kepada majlis beliau, “Majlis akan ditangguhkan mulai sekarang, alahai ruginya seseorang yang membazirkan waktu Ramadan mereka.” Pemakanan beliau disebalik amal ibadat yang begitu dasyat hanyalah tidak lebih daripada 5kg gandum untuk sepanjang Ramadan.
Hakim Ishaq Nahturi menyebut dalam Tazkiratul Rashid mengenai ibadah maulana:
Maulana akan keluar lewat daripada bilik beliau pada bulan Ramadan, musim sejuk beliau akan keluar lebih kurang jam 10 pagi. Kadar solat-solat sunat beliau, tilawah Quran, zikir dan muraqabah melebihi kadar biasa di luar Ramadan. Beliau akan kurangkan tidur, rehat dan berbual. Selepas Maghrib, beliau akan asingkan diri beliau berseorangan seketika kemudian baru makan. Beliau mengimamkan solat terawih pada bahagian awal Ramadan manakala bahagian akhir dibelakang anak beliau (Hakim Muhammad Mas’ud Ahmad). Selepas solat witir, beliau akan berdiri dengan lama menunaikan solat sunat. Daripada apa yang aku dengar, beliau membaca Surah Mulk, Surah Sajdah dan Surah Dukhan. Beliau juga berpuasa pada 10 hari awal Zulhijjah, pada 10 Muharram, dan separuh bulan Sya’ban.
Bapaku (Maulana Yahya) berkali-kali menceritakan kisah ini:
“Pada Ramadan terakhir maulana, aku telah menjadi imam solat terawih beliau (anak beliau menguzurkan diri kerana beberapa urusan).” Bapaku sering berkata “Beberapa hari sebelum Ramadan tersebut lagi maulana sudah kata, “Hakim Mas’ud (anak beliau) tidak dapat menjadi imam tahun ini, jadi siapa yang akan jadi imam terawih kita?” Bapaku kata, “Aku dengar apa yang beliau kata cuma, aku tidak ada keberanian untuk jawab aku akan jadi imam kerana terlalu hormat pada beliau.” Dua hari sebelum Ramadan maulana berkata “Maulana Yahya, bukankan kamu seorang Hafiz?” aku jawab “Maulana, ya saya seorang Hafiz, tetapi saya baca dalam loghat Farsi (bacaanku tidak berapa baik) dan maulana sudah sangat biasa dengan bacaan Hakim Mas’ud yang sedap.” Maulana balas “Itu tidak benar, aku pernah dengar bacaan Quran engkau, maka engkau akan jadi imam nanti.” Bapaku sering berkata “Sangat sukar pada malam pertama kerana aku perlu melakukan persedian untuk membaca 1 ¼ juzuk dengan melihat mushaf walhal setelah aku menjadi Hafiz pada usia 7 tahun, selama 6 bulan aku baca sambil melihat mushaf dan menyempurnakan satu khatam setiap hari, selepas itu aku lansung tidak pernah melihat mushaf untuk membaca Quran. Namun pada malam ke-2 dan seterusnya ketakutan dan gemuruhku sudah hilang. Tiada keperluan lagi untuk melihat mushaf.”